FTPソフトによるミラーリングアップロードで全てのファイルを置き換える事ができます。 これにより不審なプログラムやファイルがあった場合でも自動的に削除する事ができます。 WinSCP
サイトがDDOS攻撃に狙われた際にガードするサービスがあります。 DDOS攻撃対策
サーバーを監視するサービスがあります。 サーバー監視