処理系のbatファイル

先頭行に以下のように書くと、コマンドプロンプト上で実行内容を表示しなくなります。

先頭行：@echo off

ショートカットファイルの設定を変更すれば、処理時にコマンドプロンプトのウィンドウを最小化状態で開く事ができます。
この方法で最小化できない場合はbatに直接最小化起動を指定するとうまくいくと思います。

batファイルのショートカットをスタートアップに登録すれば、PC起動時に毎回自動処理させる事もできます。
スタートアップの登録方法は、以下のフォルダにショートカットファイルを入れてやるだけです。

場所：C:\Users\%username%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup

処理系の応用batファイル

複数の処理を実行する場合は、書式を複数行にわたって書き込んでください。
これは処理内容の違う場合でも可能で、一つのbatファイルで複数処理させる場合に効果的です。
ただし、あまり多くの処理を行うと処理が複雑になるため、batファイルを分割して後述のcallコマンドを活用してください。

1つ目の書式
2つ目の書式

batファイルから他のbatファイルを呼び出して処理する方法です。
callコマンドは処理が完全に終わってから次のbatファイルの処理へ進むので確実な連携処理が可能です。

call "対象のbatファイルのパス"

for文を利用した処理方法です。

for %%a in (.入力ファイル形式) do "exeのパス" "%%a" "%%~na.出力ファイル形式"